برای طرح های کلان ملی که مصوب شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری می باشند، ارکان مدیریتی ذیل پیش بینی شده است:
- دبیرخانه شورای عالی عتف: وظیفه سیاست گذاری، اولویت بندی، هماهنگی و نظارت عالی
- کمیسیون های تخصصی: وظیفه بررسی و تصویب مراحل مختلف اجرای طرح، نظارت بر اجرا، انتخاب مجری، ارزشیابی و نظارت بر نحوه عملکرد، تائید نهایی نتایج و مستندات
- مجری: وظیفه معذفی مدیر طرح، اجرای فاز صفر، ارائه ساختار طرح و … را بعهده دارد
- ناظر: وظیفه نظارت و ارزشیابی طرح براساس معیارها و شاخص های مربوط
- دستگاه سفارش دهنده: با توجه به مشارکت در بخشی از هزینه ها، حق کنترل بر پیشرفت طرح ها مطابق با اهداف و نتایج کاربردی
از آنجائیکه دانشگاه علم و صنعت بعنوان مجری چند طرح کلان ملّی انتخاب شده است، بمنظور اجرای مدیریت کارآمد، برنامه ریزی، ساماندهی و نظارت بر کیفیت طرح های کلان ملّی در دانشگاه سازمان و تشکیلاتی در دانشگاه علم و صنعت ایران راه اندازی شده است.